《琉璃》是一部描述十生十世绝恋的顶级仙侣虐恋故事，这一世是他们最后的缘分。
女主褚璇玑的身份复杂，源自千年以前的故事。
她的心魂被封印在琉璃盏中，身体被改造为女战神，赋予她消灭魔界修罗族的任务。残余的妖魔遭到天界和人界的追杀与仇视。
这位女战神正是第十世历劫的褚璇玑——也是她作为战神的最后一世历劫，若失败则将灰飞烟灭。少阳派掌门之次女褚璇玑因六识不全且懒散不用功，被父亲罚到明霞洞思过。离泽宫弟子禹司凤误入明霞洞陷阱，与她相遇并结下友谊。
然而，两人之间的感情之路充满坎坷。由于褚璇玑六识不全，难以像正常人一般理解情感。为帮助她恢复六识，司凤和她一同下山寻找万劫八荒镜的碎片。
在寻找过程中，众人面临重重危险。最终，他们在不周山使万劫八荒镜破镜重圆，进入镜内后，司凤见到他与璇玑的九世历劫，每一世都以他为璇玑而死告终。璇玑点在他眼角的痣，使她恢复了六识，尽管不记得前九世的事情，但已爱上司凤。
男主的身份同样错综复杂。因离泽宫突然发难攻击其他门派，司凤无奈显现金赤鸟真身，并为了保护女主而伪装成魔煞星。
当璇玑得知司凤是魔煞星，大战再起，她还重伤了司凤。璇玑为救姐姐赶往不周山，却意外掉进玲珑城。在忘川河畔，璇玑回顾过往九世司凤为她所做的一切，彻底明白自己的错误，知道司凤一直随她轮回化解怨气。
璇玑和腾蛇四处寻找司凤，最终两人和好如初。司凤因封印琉璃盏所剩时日无多，璇玑决定打开琉璃盏复活魔煞星。她本打算救回司凤后重新封印琉璃盏，却被天界之尊柏麟告知，自己才是真正的魔煞星。柏麟利用琉璃盏使璇玑心神受损，司凤跑来替璇玑承受痛苦。为护司凤，璇玑强行打开琉璃盏，化身罗睺计都。
罗睺计都现身三界，击退柏麟，攻打天界。司凤指责柏麟利用信任分解罗睺计都，使其残害同族。罗睺计都想要毁掉天罡镜，始终不忘仇恨，决心毁掉熔炉。
司凤不顾一切顶住鸿蒙熔炉，终于感化罗睺计都，罗睺计都从璇玑身体分身而出，璇玑得以恢复。天帝出手帮助鸿蒙熔炉重新归位，柏麟羞愧难当，跪求璇玑赐死。
最后，天帝宣布三界不再分尊卑，和谐共处，璇玑与司凤终成眷属。